Doorbraak in Alzheimer dankzij nieuwe Brusselse methode?
Onderzoekers aan het Interuniversity Institute of Bioinformatics in Brussel (VUB) hebben een nieuwe methode ontwikkeld, DynaMine, om de bewegingen van de hoofdketen van eiwitten te voorspellen enkel gebaseerd op hun aminozuursequentie. Met die methode kan het gedrag van eiwitten voorspeld worden die een rol spelen bij ziektes als Alzheimer.
DynaMine is hiermee het eerste resultaat van de samenwerking tussen verschillende onderzoeksgroepen van de VUB en de ULB in de context van het nieuwe Interuniversity Institute of Bioinformatics in Brussels. In hun artikel in Nature Communications tonen de onderzoekers onder leiding van professor Wim Vranken aan dat het mogelijk is om accuraat de dynamiek van hoofdketen van eiwitten te voorspellen, enkel en alleen gebaseerd op hun aminozuursequentie. Dit maakt de noodzaak van voorafgaande 3D-structuurmodellen van eiwitten overbodig.
Met het onderzoek wordt het mogelijk om op grote schaal te bestuderen welke bewegingspatronen eiwitten aannemen zonder daarvoor hun structuur te kennen. Dergelijke kennis is in de eerste plaats essentieel voor het begrijpen van de functie van die eiwitten. Verder opent de methode de weg naar verschillende vernieuwende toepassingen zoals het voorspellen van het gedrag van eiwitten die een rol spelen bij ziektes als Alzheimer.
Tot voor de eeuwwisseling werd meestal aangenomen dat de algehele organisatie van de eiwitstructuur zeer stabiel is, en dat die rigide organisatie bepalend is voor de eiwitfunctie. Tijdens het laatste decennium is het duidelijk geworden dat veel eiwitten constant in beweging zijn, en dat ze juist dankzij die bewegingen hun functie kunnen vervullen.